EMBOSS(European Molecular Biology Open Software Suite)是一个生物信息学工具集,包含多个用于分子生物学分析的工具,其中transeq用于将 DNA 序列转换为蛋白质序列。
1. 解压并安装 EMBOSS
首先,下载并解压 EMBOSS 包:
tar -xvf emboss-6.6.0.tar.gz然后,配置并安装 EMBOSS:
./configure --prefix=$(pwd)/local && make -j && make install
--prefix=$(pwd)/local会将 EMBOSS 安装到当前目录的local子目录下。
2. 临时添加到 PATH
如果只想在当前终端会话中使用transeq工具,可以临时将其添加到PATH环境变量中:
export PATH=$(pwd)/local/bin:$PATH这只会影响当前终端,关闭终端后设置会丢失。
3. 永久添加到 PATH
如果希望在所有终端中使用transeq,可以将其永久添加到PATH:
echo "export PATH=$(pwd)/local/bin:\$PATH" >> ~/.bashrc source ~/.bashrc这会将安装路径添加到
.bashrc文件中,之后每次打开新终端时,都会自动生效。
云生信团队简介
“ 云生信” 团队致力于为生命科学领域研究者提供专业的生物信息学服务 ,主营业务包括 定制生信分析、生信云服务器租赁及托管、生信课程、算法开发、数据挖掘、数据库开发 等服务。 团队打造的“ 云生信” 自动化分析平台 ,是国内首个标准化分析+个性化分析的开放型生物信息学在线平台。(http://www.biocloudservice.com/ )
目前“ 云生信” 团队已获得40余项独立软件著作权证书 ,还有3项发明专利。
服务领域
定制分析业务: 根据客户需求 ,订制个性化数据分析。 包含自有测序数据高级分析、公共 数据库挖掘分析 ,整合分析等; 热点涵盖: 机器学习、单细胞测序、孟德尔随机化、 网络 药理学、 GBD等临床数据库挖掘分析、分子对接及分子动力学模拟等......
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