脊椎动物主要有什么基因组?
对脊椎动物而言,主要有两套基因组:
如果扩展到其他生物,植物和许多藻类还有叶绿体(质体)基因组,因此通常具有核、线粒体和叶绿体三套基因组。
细菌没有细胞核,也没有线粒体;其遗传信息主要位于细菌染色体,部分还具有独立的质粒。
与你的eDNA研究相关的标记可以这样区分:
- 12S、动物线粒体16S、COI:来自线粒体基因组。
- 18S、ITS:来自真核生物的核基因组。
- 植物trnL、rbcL、matK:来自叶绿体基因组。
注意:细菌16S与动物线粒体16S不是同一个检测对象,虽然名称相似,但使用的引物和监测类群不同。
线粒体基因组由哪些基因片段组成?
脊椎动物中,典型线粒体基因组由13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA基因、22个转运RNA基因,以及非编码区域组成。
COI 属于蛋白质编码基因、12S rRNA、16S rRNA属于核糖体RNA基因。
常用脊椎动物基因片段的长度
脊椎动物线粒体完整的基因序列,其长度:
常用的脊椎动物引物
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