第一步:到NCBI官网搜索项目
访问NCBI官网,输入项目号进行搜索。
搜索结果会列出该项目下的所有测序数据(每个搜索结果都有一个SRR开头的编号)
第二步:获取SRR编号
在搜索结果中点进去任意一条,记下SRR开头的编码。编号用于后续下载和处理数据。
第三步:安装SRA Toolkit工具
SRA Toolkit 是NCBI官方提供的数据处理工具套件。从官方网站下载对应系统版本(如Linux版本),解压后即可使用。
第四步:下载原始数据文件
使用 prefetch 命令下载SRA格式的原始文件:
sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/prefetch SRRXXXXXXXX下载完成后会生成一个SRRXXXXXXXX.sra 文件(通常较大,几百MB到几GB)
第五步:转换为FASTQ格式
将SRA格式转换为FASTQ格式以用于后续分析:
sratoolkit.3.0.7-centos_linux64/bin/fastq-dump --gzip --split-files *.sra双端测序数据处理结果: