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本文以 PaperSpine 编排器（paper-spine orchestrator）的 canonical stage playbookrewrite.md为主体，逐节解读既有稿件重写（rewrite_existing）的完整规程：输入边界、作者声音恢复、历史辅助文件清单、Balanced/Strict 两种规划深度、写作理据矩阵（Writing Rationale Matrix）的全部列定义与PASS/FAIL校验规则、七条重写铁律，以及修订后独立评审与交付流程。读完本文后，你可以完整复现 PaperSpine 重写阶段的执行路径，并借助仓库中配套的源码校验脚本（如revision_audit.py）验证重写是否真正"改了逻辑"而非"润了文字"。

1. Rewrite 阶段在 PaperSpine 中的位置

rewrite.md是 paper-spine 编排器的canonical stage playbook（权威阶段手册）。在 PaperSpine 的技能地图 suite-map.md 中，各阶段职责明确分工：intake.md负责收集配置、contribution.md定义贡献与声明边界、rewrite.md负责重写既有稿件，build.md则负责从材料文件夹构建新稿。

在主编排入口 SKILL.md 中，工作流字段configuration.workflow决定了走哪条路：

• build_from_materials：从材料发展出论文，读build.md；
• rewrite_existing：改进既有论证与行文，同时保留有效结果，读rewrite.md；
• audit/review：对给定文件交付审查结论；
• revise：回应真实反馈；transfer：把既有科学内容适配到新刊物。

SKILL.md 对重写阶段的硬性要求是："Write a complete evidence-bound argument, not a summary or template shell"——写出一篇完整的、证据绑定的论证，而不是摘要或模板空壳；并且同时应用 editorial-completeness.md 与 assertive-scientific-writing.md。

在 current-method-routing.json 的路由定义中，rewrite.md被标注为需要"全文"阅读，覆盖：原稿逻辑完整读取、证据映射、贡献/动机、完整研究弧线、计划粒度、结果叙事、文献修辞、语言和语气；其应用路径为"actual task configuration 与已有选择 → 原稿/材料 → 当前 notes 计划 → 受影响段修订 → 真实独立 review"，且audit/review仅做逆向检查、不造稿。该路由同时明确了两条红线：保留有效原研究与可编辑语义；原改定位，不能只追加薄段。

2. 目的（Purpose）：实质性重写，而非语言抛光

rewrite.md开篇即定义了本阶段的唯一目标：

Substantively rewrite an existing manuscript from confirmed motivation, research outputs, and a compact evidence-aware writing plan.

基于已确认的动机（motivation）、研究产出（research outputs）与一份紧凑的"证据感知写作计划"，对既有稿件做实质性重写。

三个前置输入全部带有"已确认/真实"限定词：motivation 是用户在语义确认阶段确认过的、research outputs 是用户授权材料中的真实结果、写作计划必须是 evidence-aware 的。这直接排除了两类常见失败模式：脱离证据的"语言美化"，和绕过用户确认擅自更换贡献方向。

3. 输入（Inputs）：读什么、复用什么、缺什么怎么办

3.1 必读输入清单

原文要求重写前读取并综合五类信息：

1. 当前草稿（current draft）——被重写的原稿；
2. 已保存的配置与贡献/动机选择（saved configuration and contribution/motivation choices）——即任务中confirmed_contribution与 confirmed motivation 的落盘记录；
3. 实际来源结果（actual source results）——用户授权材料中的真实数据、图表、脚本输出；
4. 相关文献（relevant literature）——文献学习（research.md/journal-learning.md产出）得到的范例结构与引用支撑；
5. 既往反馈（prior feedback）——历史评审或用户意见。

同时必须完成两个诊断判断：哪个"读者问题"（reader problem）需要修复，以及哪些科学内容仍然有效。前者决定重写的靶点，后者划定"保留区"，避免重写破坏仍然站得住的内容。

3.2 复用规则与"缺文件 ≠ 回退旧阶段"

原文强调：复用同一任务中仍然有效的 configuration、choices、source evidence 与 learning notes；如果某个实质性输入缺失，只解决那个具体缺口。特别重要的一句是：

the absence of a historical filename alone does not send the current host back to an old stage.

仅仅是某个历史文件名的缺失，不能把当前宿主（Agent）打回旧阶段。

这与 SKILL.md 的 "Reuse valid configuration, choices and results: a workflow label does not require another intake, new analyses, or an entirely new manuscript" 一脉相承：工作流标签本身不要求重新 intake、重新分析或推倒重来。results-validation.md 也呼应了这一点："A missing helper cell/file alone does not establish that the result or evidence is missing"——缺失的辅助文件不能直接推导出"结果或证据缺失"。

4. 作者声音恢复（Authorial Voice Restoration）

这一节把重写时的"作者表达偏好"落地为可执行规则，具体方法指向 assertive-scientific-writing.md。核心操作要求有四条：

1. 应用已保存的作者表达偏好（the saved author-expression preference）；
2. 保留先前的草稿（Preserve the prior draft）；
3. 保留已经清晰的文字（retain already-clear text）——只对真实读者问题动刀；
4. 对比修订前后的含义、术语、证据与声明强度（compare revised meaning, terminology, evidence and claim strength）。

在 assertive-scientific-writing.md 中，该偏好由配置项configuration.author_voice_restoration控制，共三档：

该文档同时给出两条边界：两档都不允许改变结果、声明强度或科学含义；没有作者文本可学时，应"保留用户的显式表达偏好并声明无法学习个人声音"，而不是编造一个。它还明确：不得把检测器分数、词黑名单或句长节奏配额当作作者身份证据——这与rewrite.md中"ordinary authorized editing does not require another author confirmation or a detector/rhythm target"（普通授权编辑不需要再次作者确认，也不需要 detector/节奏目标）完全一致。

仓库中的可执行佐证是 author_voice_check.py。它的 CLI 接受输出目录（默认paper_rewriting_output）、--request、--profile、--json、--markdown、--write参数，--write时写出author_voice_receipt.json与author_voice_report.md——正是rewrite.md历史辅助清单中列出的作者声音产物。声音档案的结构由 author-voice-profile.schema.json 约束：必填字段包括profile_id、status（available/unavailable）、output_language、authorized_sources与protected_terms；其中每个授权来源必须声明authorization（author_owned或explicitly_authorized）与source_kind（prior_paper、proposal、review_response、research_note、other），且status为available时authorized_sources至少一项。这说明作者声音不是"感觉像"，而是一份受契约校验的授权来源清单。

5. 历史辅助文件清单（Historical helper inventory）

rewrite.md明确这些文件只在被调用的 helper 或显式 trace 请求需要时才使用（"Use these files only when an invoked helper or an explicit trace request needs them"）。既有的 notes 可能已经把推理记录在当前宿主里；交付物是被请求的修订稿及其可用输出，不是这堆中间文件本身。完整清单如下：

清单中几个关键文件的完整定义见仓库对应 playbook：

• rewrite-matrix.md：定义"红线程"（one-sentence red thread）推导、章节角色地图、段落行的 11 步重写流程与 7 种操作标签（REWRITE、SPLIT、MERGE、DELETE、MOVE、ADD、KEEP），并要求整稿"七句血统测试"（abstract 末句、intro 开头句、gap 句、贡献句、methods 开头句、results 首个 headline、discussion 收尾句连起来讲同一个故事）。
• logic-transfer-audit.md：要求重写必须能回答四个问题（原稿想做什么、目标逻辑教了什么、修订稿现在用什么逻辑、哪些段落因学习而改变），并定义了background-stack、gap-vague、method-recipe、metric-dump、claim-leap、discussion-repeat、latex-driven七种缺陷标签。
• results-validation.md：每个 Results 主要小节必须有"科学目的 + 实际证据 + 解释边界"三元组，其遗留表格含Confirmatory Condition、Allowed Interpretation、Interpretation NOT Allowed三列，最后一列被作者称为"审稿人 overclaiming 抱怨的头号来源"的防线。

6. 规划深度（Planning Depth）：Balanced 与 Strict

rewrite.md对"计划要做多细"给出了分档规则：

Balanced 模式（默认）：使用section_blueprints.md+ 证据账本/结果地图 + Agent 对稿件本身的判断。明确禁止"为了填满矩阵而创造段落行"（Do not create paragraph rows merely to fill a matrix）。

Strict 模式或显式 trace 请求：使用下文第 7 节的 Writing Rationale Matrix。

原文还叠加了一条来自 editorial-completeness.md 的硬要求：

Preserve or rebuild the full reader-facing research arc rather than compressing the manuscript into a safer summary. The Agent may depart from the old section structure when the contribution, venue, and evidence support a better one;tierdoes not reduce manuscript scale.

要保留或重建完整的读者侧研究弧线，而不是把稿件压缩成一份"更安全的摘要"。当贡献、刊物与证据支持更好的结构时，Agent 可以偏离旧的章节结构；tier（研究/过程广度档位）从不削减稿件规模。

这与 editorial-completeness 的 "North Star" 一致：读者应能依次回答"为什么必须做、做了什么、证据显示什么、在真实限度内意味着什么、得出什么结论"，并且 title、abstract、Introduction、Results、Discussion、figures、ending 各表面之间不得讲述不同版本的故事。该文档还强调：空间紧张时先压缩重复数字与泛化背景，再动方法定义、更新/决策规则与评测设置；tier只控制范例研究广度与可选过程记录量，"never reduces the paper promised by scene, target_name, the template, or the user's request"。

7. 写作理据矩阵（Writing Rationale Matrix，Strict / Optional）

这是rewrite.md中最具操作性的部分。矩阵的完整表头（10 列）原样如下：

| Row ID | Manuscript Unit | Original Problem or Planned Function | Contribution Promise / Claim ID | Motivation Alignment | Reference/SOTA Pattern Learned | Target Scene or Venue Norm | User Evidence or Citation Anchor | Planned Change | Final Text Check | |---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|

各列职责（结合 writing-rationale-matrix.md 的完整深度规则）：

• Row ID / Manuscript Unit：行号与稿件单元。单元大小随任务而定——期刊/会议论文可细到 framework、title/abstract 单元、Introduction moves、方法设计解释、结果证据单元、图表声明、discussion moves、caption、承载论证的标题；不要把所有任务硬塞进 IMRAD，也不要只给每个顶层章节一行。一段承担两个功能就拆两行，三个短段共享一个功能可合并为一行。
• Original Problem or Planned Function：该单元当前的问题或计划承担的功能。
• Contribution Promise / Claim ID：该行推进/验证/解释/限制的贡献承诺，用C1、C2… 与confirmed_contribution.md和results_validation.md保持一致。
• Motivation Alignment：动机是独立对齐列——解释承诺为何重要，但不能替代承诺，也不能超出其声明边界。
• Reference/SOTA Pattern Learned：从范例/SOTA 工作转迁的结构动作（不抄措辞与结果）。
• Target Scene or Venue Norm：目标期刊/会议/报告/竞赛场景的规范。
• User Evidence or Citation Anchor：具体的用户证据项、图、表、结果或引用锚点。
• Planned Change：计划做的文字动作。
• Final Text Check：最终文本校验结果。

三条核心纪律：

1. 首行必须深度论证整篇框架（framework row）。writing-rationale-matrix 中给出了完整的 F1 框架行示例：它应更像一份设计备忘录而非 TODO——解释哪个贡献契约统领全篇、确认的动机如何建立必要性、转迁了什么 SOTA 模式、如何匹配目标场景、哪些用户证据锚定它、后续章节如何对照它检查。
2. 严格模式下的深度底线：每个非平凡行都必须包含足够细节"教会读者这个写作决策"，而不仅是点名章节；"improve clarity"、"make academic"、"polish wording" 这类泛化理由一律不通过。
3. Final Text Check必须以PASS或FAIL开头，后面跟最终位置或仍失败的原因。原文给出的正例是PASS: Section 2 paragraph 3 now states the claim after citation C12.，反例是FAIL: no verified citation yet for this mechanism claim.之外的任何形式——只写位置、写 "done" 或含糊备注都不算通过审计。

对于承载证据的场景（journal/conference/competition），原文要求在写相关文字之前先对当前结果与声明边界应用 results-validation.md，并特别强调："a separate table/checker is not a drafting gate"——独立的表格/校验器不是起草闸门。配套的执行端是 results_validation_check.py（用法：python src/scripts/results_validation_check.py paper_rewriting_output --markdown --write），其退出码语义也被明确约束：exit 0 只表示结构检查通过，exit 1 只表示表格检查失败需要诊断，都不构成对底层结果科学有效性的裁决。

8. 重写规则（Rewrite Rules）：七条铁律

rewrite.md的 Rewrite Rules 一节是重写执行时的逐条规程，逐条解读如下：

1. 从适用的证据感知计划出发重写。被请求或有用时使用矩阵行；保留有效段落，针对实际问题做需要的变更，"rather than merely appending generic prose"（而不是仅仅追加泛化文字）。
2. 保留 LaTeX 命令、labels、引用、公式、图、表。这与 rewrite-matrix.md Step 4 第 9 条呼应：源文件是.tex时，先从蓝图起草新文字，再"移植"到保留的 labels、引用、公式与图表块周围——重写阶段不做 LaTeX 格式工程。
3. 使用配置中的output_language。输出语言以已保存配置为准，而非 Agent 自选。
4. 逐句从citation_support_bank.md中挑选引用。该引用支撑库的定义见 citation-support-bank.md：它是与范例学习（exemplar learning）相互独立的文献支撑池，每一行必须包含一种可核验的引用格式（BibTeX/DOI/URL/arXiv ID/足够元数据）与一到两句可直接入稿的支撑句；外部渠道来源必须记录稳定标识符（DOI/arXiv ID/URL）与核验方式，Verified=yes而无标识符只算自证。起草时只选入稿所需子集，不把所有候选倾倒进终稿；去重键为 DOI、PMID、arXiv ID、BibTeX key、URL 或规范化引文。
5. rewrite_matrix.md映射原稿单元到最终单元，并对每处变更分类。分类标签即 rewrite-matrix 的 7 种操作：REWRITE、SPLIT、MERGE、DELETE、MOVE、ADD、KEEP。其中一条经验规则值得注意：对风格模仿任务，重复的KEEP或ADD行应被视为"修订过浅"的警告。
6. 阅读 assertive-scientific-writing.md，直接陈述有支持的发现。限定语只放在因果范围、泛化或来源真正改变的地方。该文档给出的对照示例是："CARBON improved Pearson correlation across the evaluated tasks"（直陈）优于 "The supplied evidence appears to suggest that CARBON may potentially improve…"（堆叠 hedging）。它同时禁止 "may potentially suggest" 式叠层 hedging、重复的 "within the supplied materials" 以及 "user-authoritative evidence" 这类审计短语进入读者侧文本——"evidence ledger holds provenance; the manuscript communicates the science"。
7. 把 figure contract 与 evidence map 当作私有脚手架。要把它们展开成解释"递进与含义"的 Results 和 Discussion，而不是产出一串"被审计过的 caption"。editorial-completeness 为此给出了一个结果单元的完整成分：为什么此时需要这个分析、可见结果与决定性定量锚点、该结果对贡献确立了什么、改变含义时的边界/替代解释、到下一个问题的桥。

8.1 深度文献驱动路径（可选加配）

当需要"更深、文献感知的一轮"时，rewrite.md指向 round1-literature-revision.md，其分阶段方法为：

• Pre-Phase 0：动机线程提取——先读 Discussion/Conclusion 或 Abstract 列出 3-5 条核心声明（"writing backwards"），再逐节映射动机角色，最后写出单句红线："This paper [action] [specific problem] because [motivation], and finds that [core take-home]."
• Phase 1：move-guided 分节重写——逐节做四步：映射原节修辞动作（A）、映射参考论文的动作为序（B）、构建 move 级重写计划（C：我们的段落号、模型论文、内容来源、可结构复用的关键语言）、按 move 重写并做节级五查（D/E：动作覆盖、动作顺序、动机检查、风格融合、数字审计）。
• Phase 2：结构连贯 pass——跨节流动、过渡一致性、术语一致性。
• Phase 3：数字审计（强制）——提取修订稿中每一个数值，逐一在授权用户结果、原稿、已核文献或授权确定性计算中定位来源；无法建立来源时只省略或限定该无支撑值，不得因"原稿/范例里没有"而删除合法结果。
• Phase 4：跨节动机审计——问题-解弧线（Introduction 末句 → Discussion 首句 → Discussion 末句）、Introduction↔Discussion 声明配对（任何 "NOT ADDRESSED" 即断线）、平行主题序列、以及每节一句的"动机血统"七句连读测试。

9. 评审修订后的论文（Review the revised paper）

重写的收尾闭环同样由rewrite.md明文规定：

• 用 review-policy.md 做独立、定位化的评审（independent, located assessment），对象是真实行文、证据与渲染输出。需要时再渲染——原文点破一个关键限制："a pre-LaTeX approval chain cannot inspect pagination or Word fidelity"（LaTeX 之前的审批链无法检查分页与 Word 保真度）。
• 在同一任务内修订受影响的段落与输出，复用仍然有效、未受影响的工作。
• 对照 citation.md 核对最终的去重后引用集合，并按 submission.md 重建可移植交付包。
• 科学、编辑、格式与提交四类限制分开报告，不得混为一谈。

review-policy.md 对这一节的执行深度做了进一步规定：默认策略balanced是"editorially ambitious and procedurally light"——要求一次针对当前终稿与图的独立评审、一次真实 PDF 视觉检查、可用终态工件；每条可执行编辑意见必须落到精确稿件位置与短引文；CRITICAL科学缺陷阻断，MAJOR仅当影响主声明、图/文一致性、引用真实性或交付可用性时阻断，MINOR/风格项为咨询级。strict则用于显式请求严格审计、投稿认证或高风险终包的场景。策略缺失或未知时解析为balanced，不额外发起 intake 提问。评审对稿件是只读的：reviewer 只报告定位化、有证据的发现；已授权写作/修订的任务由宿主在该范围内实施修正——评审发现本身不构成新的逐次编辑授权，也不授予交互权限。

10. 源码级佐证：用脚本验证"重写是否实质"

rewrite.md的规程在仓库中有三个可直接运行的校验端，构成"规程 → 工具"的闭环：

（1）浅层编辑审计 revision_audit.py。它是 rewrite-matrix Step 8 "Shallow-Edit Audit" 的执行端：

python scripts/revision_audit.py <original> <revised> --markdown > paper_rewriting_output/revision_audit.md

从源码看，它支持.txt/.md/.tex输入（.tex走normalize_tex、.md走normalize_markdown），逐段做规范化（make_canon）后计算相似度（similarity_canon），输出AuditSummary：near_identical_ratio（近同段占比）、mostly_new_ratio（新增段占比）、likely_deleted_ratio（疑似删除段占比）、addition_heavy与shallow_warning标志。其定位是"guardrail, not a literary judge"——护栏而非文学裁判。按 rewrite-matrix 的解读规则：高 unchanged 比例是诊断信号（需检查被诊断弱点是否仍在，并解释为何保留）；高 addition 比例说明重写主要在追加内容；弱章节高相似度则应回到蓝图重建。

（2）Results 映射结构校验 results_validation_check.py。如第 7 节所述，它只校验results_validation.md表格的结构完整性，明确不裁决科学有效性——这正是rewrite.md"a separate table/checker is not a drafting gate" 的落地。

（3）作者声音校验 author_voice_check.py。如第 4 节所述，其--write输出与rewrite.md清单中的author_voice_receipt.json、author_voice_report.md一一对应，且 SKILL.md 的质量规则要求"Use evidence-boundauthor_voice_check.py"，同时把humanize_check.py与 detector 分数限定为诊断工具而非论文质量裁决。

此外，orchestrator-branch-map.md 给出阶段状态机视角：planning、drafting等状态在 PENDING 时都路由到references/rewrite.md（rewrite_existing工作流同样路由至此），且证据承载场景同时挂references/results-validation.md。也就是说，从规划到起草，重写 playbook 始终是在读文件。

11. 交付自检清单

把rewrite.md全文压缩为一份可核对的交付前清单：

12. 小结

rewrite.md的设计哲学可以用三句话概括：重写是论证级手术，不是语言抛光——变更必须来自证据感知计划与真实读者问题；计划深度分级——Balanced 用蓝图加判断，Strict 才上全量理据矩阵，且任何模式下tier都不许削减稿件规模；闭环靠独立评审与分面报告——LaTeX 渲染后看真实分页，引用与交付包分别按 citation.md / submission.md 重建，四类限制分开陈述。配合 suite-map.md 中的补充深修方法表（round1-literature-revision.md由rewrite.md调起）与 revision_audit.py 等校验脚本，构成了一套从规划、执行到可验证收尾的完整重写规程。

延伸阅读入口：suite-map.md（阶段总览）、rewrite-matrix.md（矩阵八步工作流）、writing-rationale-matrix.md（矩阵深度规则与 F1 示例）、editorial-completeness.md（稿件规模与结果单元标准）、review-policy.md（balanced/strict 评审策略）。

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